Historia miejskiego ratusza sięga początku XV wieku. Biskup płocki Jakub miał ufundować siedzibę władz miejskich w 1405 r. Dobudowana do ratusza gotycka wieża spełniała funkcje zarówno sądowniczo-penitencjarne, jak i obronne. Początkowo sięgała wysokości 15 m i zbudowana była na planie prostokąta. W ciągu XV i XVI wieku stopniowo ją podwyższano, dalsze kondygnacje stawiając na planie ośmiokąta. Zbudowano też nowy ratusz – niższy, nowocześniejszy – w stylu renesansowym zwieńczony grzebieniastą attyką. 30-metrowa już wtedy wieża zyskała kopulasty hełm z latarnią, zamówiono do niej również zegar.
Podczas wojen w ciągu XVII i XVIII w. ratusz płonął kilkakrotnie. W 1728 r. odbudowany został z funduszu biskupa Andrzeja Stanisława Kostki Załuskiego. Dwutraktowy budynek okalał wieżę podkowiasto od wschodu. Wejście umieszczono od północy i osłonięto drewnianym podcieniem. Dach wieży zmieniono na ośmiospadowy, zrezygnowano z zegara. W tej formie ratusz przetrwał do końca XIX w. W tym czasie oprócz władz miejskich kwaterowało tu wojsko, mieścił się areszt, a nawet magazyny pułtuskich kupców.
Pod koniec XIX w. w zrujnowanym budynku zorganizowano przytułek, a od 1880 r. parter i wieżę oddano do użytku Ochotniczej Straży Ogniowej. Po 1902 r. na miejscu dawnego budynku wzniesiono nowy, mniejszy, w stylu neogotyckim już tylko do użytku straży. Wieżę pozbawiono dachu zastępując go odkrytą platformą. Okazała się ona zupełnie niefunkcjonalna i szybko powrócono do pierwotnego pokrycia szczytu wieży. Również w tym okresie od strony północnej, na siódmej kondygnacji umieszczono zegar.
W czasie II wojny światowej remiza wraz z wieżą zostały częściowo zniszczone. W latach 1947 – 1949 wyremontowano wieżę według projektu Mieczysława Rzepeckiego, natomiast remizę rozebrano. W latach 1952 – 1954 wzniesiono nowy budynek ratusza według projektu Tomasza Kornackiego. W wieży natomiast w 1964 roku zorganizowano Muzeum Regionalne, które mieści się tutaj do dziś (ul. Rynek 43).